1. 看形状。非转基因大豆的形状是椭圆形的，有点扁。转基因大豆的形状是滚圆形的。
2. 看颜色。非转基因大豆由生豆到熟豆的过程中，颜色由青绿色到黄色自然变化，有个别大豆没有完全成熟就被收割了，这些嫩豆就带点绿色和偏绿色。转基因大豆颜色一般都统一黄色，没有明显深浅变化，也没有黄绿自然渐变。
3. 看发芽缝。非转基因大豆有明显的发芽缝，俗称“肚脐眼”。转基因大豆也有发芽缝，但不明显，因为它的肚脐眼颜色跟豆身颜色基本一样，所以没有明显的异色肚脐眼。
4. 看颗粒之间的大小。非转基因大豆颗粒与颗粒之间的大小都不怎么一样。转基因大豆的大小都基本一样，像一个模子刻出来一样，没有明显大小区别。
5. 看虫蛀。非转基因大豆很容易生虫，虫蛀痕迹明显。转基因大豆转入了抗虫抗药的基因，所以通常形态整洁，几乎看不到任何虫蛀痕迹。
6. 泡水看发芽。水中浸泡二天，非转基因大豆可以正常发芽。转基因大豆一般不会发芽。
注：以上方法都不是绝对能判断准确的，现在很多的转基因大豆是无法靠我们平常的小方法来识别的，所以在我们购买时尽量选择正规厂家出品的，有明确标识非转基因的大豆。